ฟรันซิสโก ฆาบิเอร์ เกิดใน ค.ศ. 1506 หกปีหลังจากนั้น ค.ศ. 1512 ได้เกิดการยึดครองนาวาร์ โดยกองทัพกัสติยาและอารากอนภายใต้การควบคุมของฟาดริเก อัลบาเรซ เด โตเลโด ดุ๊กแห่งอัลบา ตามพระราชโองการของพระเจ้าเฟร์นันโดที่ 2 แห่งอารากอน ซึ่งทำให้เกิดสงครามกลางเมืองนาวาร์ที่ยุติในปี ค.ศ. 1524 สงครามครั้งนี้ทำให้อาณาจักรนาวาร์ถูกแบ่งแยกโดยที่นาวาร์สูงตกไปอยู่ในการปกครองของกัสติยาถึงแม้ว่าจะคงความเป็นอาณาจักรถึงคริสต์ศตวรรษที่ 16 ส่วนนาวาร์ต่ำซึ่งอยู่บริเวณทางเหนือของเทือกเขาพิรินียังคงเป็นรัฐอิสระ แต่ภายหลังก็เข้าร่วมกับฝรั่งเศส

ฟรันซิสโก ฆาบิเอร์ เกิดในตระกูลชั้นสูงในราชวงศ์อะกรามอนต์ ผู้ปกครองนาวาร์ บิดาของเขาชื่อ ฆวน เด ฆาโซ ซึ่งเป็นประธานสภาที่ปรึกษาของพระเจ้าฆวนที่ 2 แห่งอัลเบรต หลังจากการยึดครองของกัสติยา ฆวนผู้เป็นบิดาและครอบครัวได้หนีภัยไปอยู่ที่ แบร์อาร์น และได้เสียชีวิตที่นั่นในเวลาต่อมา มิเกล และฆวน พี่ชายของฟรานซิสโก ฆาบิเอร์ ได้มีบทบาทสำคัญในการทำศึกเพื่อนำนาวาร์กลับมาอีกครั้ง ในปี ค.ศ. 1521 มิเกลและฆวนได้ต่อสู้กับอิกเนเชียสแห่งโลโยลา ทหารของกัสติยาที่ประจำที่ปัมโปลนา และอิกเนเชียสได้รับบาดเจ็บ แต่ถึงกระนั้นกองทหารกัสติยาก็ชัยชนะอย่างราบคาบในที่สุด ในไม่กี่ปีต่อมา อิกเนเชียสแห่งโลโยลาได้ก่อตั้งคณะแห่งพระเยซูเจ้า และมีฟรันซิสโก ฆาบิเอร์ เป็นสหายและผู้ร่วมงาน